Pierwsza wzmianka o Boguszy pochodzi z odległego roku 1460 i znajduje się w piśmie podkomorzego krakowskiego Mikołaja Pieniążka. Wówczas to Bogusza zostaje wymieniona razem z sąsiednią Binczarową. Dostaliśmy tu ciekawą informację o nadaniu mieszkańcom obu wiosek prawa do wyrębu drzewa oraz wypasu trzody w lasach na południe od wsi. Z tego dokumentu wynika także, że obie wsie były częścią starostwa niegrodowego w Grybowie, będącego dzierżawą królewską.
Kolejny raz Bogusza pojawia się w królewskim dokumencie z 1526 roku, kiedy to, razem z innymi wsiami starostwa grybowskiego, przeszła w posiadanie Jana Buczyńskiego z Olszyn. To właśnie w roku 1529 dzierżawę grybowską wykupił od Buczyńskiego Stanisław Pieniążek z Iwanowic. W 1544 roku nadał Boguszy prawo wołoskie, a sołectwo w Boguszy sprzedał Iwanowi Radzowi. Potomkowie Radza pełnili funkcję sołtysów aż do XVIII wieku.
Po okresie Pieniążków, całe starostwo przeszło pod kontrolę Stanisława Lubomirskiego, wojewody i starosty krakowskiego. To właśnie on przyczynił się do założenia w roku 1627 parafii i wybudowania cerkwi św. Dymitra w Boguszy. W drugiej połowie XVII wieku w wiosce działało 9 gospodarstw, a nawet działał tu młyn wodny.
Następnie starostwo przechodziło w ręce różnych rodzin, takich jak Grodzieńscy, Denhoffowie, Tarkowscy i Wodziccy. W 1785 roku austriacki rząd włączył dzierżawę grybowską do tzw. dóbr kameralnych. Dopiero w 1828 roku część dawnej posiadłości, wraz z Boguszą, została sprzedana na licytacji Józefowi Boschowi. Boschowie jednak uciekli na Węgry podczas rzezi galicyjskiej w 1846 roku.
W roku 1880 wieś Bogusza liczyła już 87 domów. Dziś Bogusza liczy 686 mieszkańców (2022) i zachwyca turystów swoją historią i malowniczym otoczeniem.